西双版纳州中级人民法院内设政治部、办公室、民一庭、民二庭、法警支队、执行局、审监庭、立案庭、纪检组、刑一庭、刑二庭、刑三庭、行政庭、行政装备管理局、司法技术处、审管办16个职能部门。

主要职责是：审理在本地区有重大影响或重大涉外的民事、刑事、行政一审案件；依法审理法律规定由中级人民法院管辖的民事、刑事、行政等第二审案件；受理不服本州两级人民法院已生效的判决、裁定等各类申诉和申请再审，对其中确有错误的，提审或指令下级法院再审。审核裁定减刑、假释案件；审判由市人民检察院按照审判监督程序提出的抗诉案件；受理不服本院生效裁判的各类申诉和再审案件；依法对下级人民法院行使指定管辖权；监督指导下级人民法院的审判工作；根据《国家赔偿法》规定，办理赔偿案件；执行中级人民法院已经发生法律效力的第一审判决、裁定以及法律规定应当由中级人民法院执行的其他生效判决、裁定；指导全州法院思想政治、教育培训工作，按照权限管理法官和其他工作人员，协同编制部门管理本州法院系统的机构编制工作，协助地方党委做好基层法院领导班子建设；针对案件审理中发现的问题提出司法建议，组织、指导全州法院的调研工作；领导全州法院系统的监察工作；管理全州法院的有关经费和物资装备；在审判工作中宣传法制，教育公民自觉遵守宪法、法律；承办其他应由本院负责的工作。